・Mega Man及びMega Man IIIのロボットたちはアメリカ在住
・彼らの存在を知っていたのはワイリーのみ（ナンバーズにも知らされなかった）
・ワイリーの本当の姓はWileyであり、彼らを造った際はこちらを名乗っていた
ワイリーの、祖国アメリカでの「隠し子」の存在が明るみに出、ワイリー基地はてんやわんやになる。彼らの立場はどうも危ういようで、とりあえず非番のロボットたちとワイリーとがアメリカに飛び、彼らの隠れ場所を訪ねる。
が、十年ぶりの「父の帰郷」に日米双方のロボットたちは様々に動揺。ワイリーもまた「子供」たちと自分自身の十年間に否応なしに向き合うこととなる。
そんな折も折、その隠れ場所がとある勢力の夜襲を受け、チームワークも怪しげな「ワイリー一家」は決断を迫られる……