新法により、全世界のロボットが危険とみなされ廃棄処分を余儀なくされてから30年――
Dr.ライトはこの世を去り、世界は新世代ロボット「ネオ・イレギュラー (Neo Mavericks)」と、それらを洗脳・統括するDr.ワイリーの手に落ちていた。
Dr.ライトの秘密研究所で再び目覚めたメガマンは、妹ロールとともに、生き残った人類が組織するレジスタンスに合流すべく旅を始めた。ネオ・イレギュラーの刺客たちがその行く手を阻むが、メガマンXやカリンカら頼もしい仲間を見つけながら、彼らは少しずつワイリーの元へ迫ってゆく……
01. O Heroi Desperta! （ヒーロー目覚める）
02. Megaman e Megaman X: Encontro de irmaos （メガマンとX、兄弟の出会い）
03. Fechou o Tempo! （※訳保留）
04. Pedacos de Roll （ロールの破片）
05. Turboman x Mega e xizinho! （※訳保留）
06. Roll de Casca Nova! （ロールの新ボディー）
07. A Turma Aumanta! （新しい仲間）
08. Porradas de Montao! （猛攻）
09. Revelacoes do Passado! （過去の黙示録）
10. Surgem os Neo-Mavericks! （急襲！ ネオ・イレギュラー）
11. "ELE" VOLTOU （「彼」の帰還）
12. Corredor Polones. （ポーランド回廊）
13. Briga de Familia! （骨肉相食む）
14. Aliancas e Traicoes （協力と裏切り）
15. Comeca a Batalha! （決戦の火蓋）
16. Contato! （コンタクト）